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​iCLIP交联用哪个波段?

更新时间:2023-05-15   点击次数:343次

iCLIP交联用哪个波段?多高能量辐照?

分子生物学的iCLIP实验,不知道用哪个波段和多少能量辐照,根据使用过紫外交联仪的老师反馈,iCLIP实验需要用254nm的紫外交联仪对细胞进行紫外辐照,UV-C辐照能量为150 mJ/cm2,照射一次。

紫外交联仪在分子生物学的应用:

在紫外线照射下,在分子水平上,核酸链中相邻的嘧啶可以发生二聚化,这主要发生在胸腺嘧啶碱基4-6之间。近 100 年来,研究人员一直利用紫外线的这一特性作为研究基因突变的工具。

紫外交联仪应用包括:

1.光稳定性验证

2.突变生物学(生存分析、紫外线诱导突变、应激分析)

3.聚合物固化(例如甲基丙烯酸酯树脂、水凝胶)

4.膜交联(Northern/Southern 印迹,EMSA)

5.微生物灭活(如细菌、真菌、病毒)

6.双分子交联(PAR-CLIP-seq、pBpa、CLIP-seq、iCLIP-seq、sulfo-SDA、补骨脂素)

这些应用依赖于可重复的、高强度的紫外线剂量。LUYOR的紫外交联仪型号是UCL-3200/3500。UCL-3200/3500交联仪有一个内置高精度紫外福照度计,紫外福照度计可追溯标准进行校准,以确保无论时间和空间如何都能获得一致的剂量。

紫外交联仪UCL-3200/UCL-3500的操作

紫外交联仪UCL-3200/UCL-3500能够按照时间或能量 J/cm 2为单位进行设置。因紫外线灯管使用寿命、环境温度、供电电压等因素会造成紫外线强度会发生变化,建议用户辐照使用能量设置,尽量不用时间设置。

如果文献里使用的是能量单位,用户可以转换为 J/cm 2,这是该仪器上用于输入的测量单位。在下面表格里面提供了各种能量单位如何转换。

如果文献里面是强度单位,通常以 µW/cm 2为单位,则该值将伴随曝光时间。用户必须将辐照能量值转换为 mW/cm 2,在下面表格里面提供了各种强度单位如何转换。此外,用户必须将曝光时间转换为秒(例如 10 分钟 = 600 秒)。

例如:

研究人员将某种流感病毒暴露于 2000 uW/cm2 10 分钟。将报告的紫外线剂量转换为 J/cm 2。

转换方法 :

辐照强度 (mW/cm 2 )* 时间(秒) = 辐照剂量 (mJ/cm 2 )

2 mW/cm 2 * 600 秒 = 1200 (mJ/cm 2 )=1.2 (J/cm 2 )

交联辐照如何放置辐照样品?

建议用户将样品放置在紫外交联仪辐照腔的照明中心位置。放置在中心的样品能确保辐照到到设置的剂量。由于边缘效应,放置在后面和前面位置的样本接收的剂量将少于设置的剂量。


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